Τα  προγράμματα διοργανώνονται και παρουσιάζονται από το προσωπικό του Τμήματος Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων. Aφορούν στις μόνιμες συλλογές αλλά και στις περιοδικές εκθέσεις του μουσείου. Απευθύνονται κυρίως σε μαθητές της Γ΄ και Δ΄ δημοτικού και Α΄ γυμνασίου και έχουν σχεδιαστεί σε συνάρτηση με τη σχολική ύλη. 

Για τη συμμετοχή στα προγράμματα απαιτείται προσυνεννόηση με το Τμήμα Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων στο τηλ. 210 7239438:

- από 15 Σεπτεμβρίου κάθε έτους, μεταξύ 13.00-16.00 για την περίοδο Οκτωβρίου-Δεκεμβρίου
- από 1 Δεκεμβρίου κάθε έτους, μεταξύ 13.00-16.00 για την περίοδο Ιανουαρίου–Ιουνίου.