Ο Κυκλαδικός πολιτισμός άνθισε στα νησιά του κεντρικού Αιγαίου κατά την Πρώιμη Εποχή του Χαλκού (3η χιλιετία π.Χ.). Το ΜΚΤ διατηρεί μια από τις σημαντικότερες και πληρέστερες συλλογές κυκλαδικών αρχαιοτήτων στον κόσμο, με αντιπροσωπευτικά δείγματα μαρμάρινων ειδωλίων και αγγείων, χάλκινων όπλων και εργαλείων καθώς και κεραμικής όλων των φάσεων της Πρωτοκυκλαδικής περιόδου.